全球核心微生物 · 胁迫诊断

土壤与根际
障碍因子诊断

基于全球30万余份土壤与根际微生物群落筛选形成的核心细菌群落指纹，对未知样本进行生态位与胁迫类型匹配。支持普通土壤、根际土壤自动判断， 并识别干旱、盐胁迫、高温、淹水、酸碱变化、物理扰动及多类生物胁迫。

核心菌库158全球核心细菌属
参考指纹22常规土壤 / 根际土壤
当前样本--phyloseq 样本
分类层级3生态位 · 胁迫大类 · 具体胁迫
01

上传微生物组数据

上传已经完成 Greengenes2 注释的 phyloseq RDS 对象。

02

设置诊断条件

指定待测样本、是否使用匹配健康对照，以及样本生态位信息。

是否有明确健康对照
有匹配健康对照时，模型比较“未知样本 − 健康对照”的差异指纹。
样本生态位
使用说明

如何使用

按照下面 6 个步骤完成从数据上传到结果解读。若具有同来源、同批次的健康样本，建议优先采用“健康对照差异模式”，以降低样本背景差异对诊断的影响。

步骤 1

准备输入文件

准备已完成 Greengenes2 注释的 phyloseq .rds 对象。对象应包含 otu_table 和 tax_table，并能够获得属水平（Genus）注释。系统会自动聚合并提取参考库中的全球核心细菌属。

步骤 2

上传并解析样本

点击上传或拖入 RDS 文件。系统会自动读取样本名称、注释来源，并提取可用于诊断的属水平群落数据。

步骤 3

选择待测样本

在“待测样本”中选择需要诊断的单个样本。如果一个 RDS 中有多个重复或多个处理，可以逐个样本分别诊断。

步骤 4

决定是否使用健康对照

若有合理匹配的健康对照，建议优先使用。 系统将比较“待测样本 − 健康对照”的 CLR 差异指纹；没有合适对照时，则直接比较待测样本的核心菌丰度排序指纹。

步骤 5

设置样本生态位

若明确知道样本来自普通土壤或根际土壤，可直接指定；若不确定，则选择“自动判断”，模型会先比较更像 Soil 还是 Rhizosphere。

步骤 6

阅读结果

按照“生态位 → 胁迫大类 → 具体胁迫”三层结构解读，同时关注核心菌覆盖率、指纹相似度、相对支持度和 Top1–Top2 差值。若候选差值较小，应按“低明确度 / 可能复合胁迫或参考库未覆盖状态”谨慎解释。

结果解读建议： 建议按层级报告结果：优先报告生态位和胁迫大类；只有当具体候选具有足够区分度时，再报告具体胁迫类型。模型输出属于全球核心微生物群落指纹匹配结果，应结合土壤理化指标、环境记录、植物表型及病原检测进行综合判断。
微生物胁迫诊断页面如何使用示意图
如何使用示意图：从准备 Greengenes2 注释的 phyloseq RDS，到上传、选择待测样本与健康对照、设置生态位模式、开始诊断并解读三级结果。点击图片可查看大图。
模型机制

模型原理与诊断机制示意图

从 phyloseq RDS 输入开始，经过全球核心菌映射、两种匹配模式和三级分层判定，最终输出候选胁迫及诊断明确度。

全球核心微生物群落胁迫诊断模型原理示意图
模型原理示意图：将待测样本映射到 158 个全球核心细菌属；有健康对照时采用 paired-delta 差异指纹，无健康对照时采用 rank-profile 排序指纹；随后依次完成生态位、胁迫大类和具体胁迫的三级诊断。点击图片可查看大图。
模型边界： 本工具识别的是“微生物群落响应模式与参考胁迫指纹的相似性”，并不等同于对具体病原、盐分、干旱或其他环境因子的直接测量；建议将其作为微生物组层面的筛查与辅助诊断工具。