准备普通土壤数据
使用 Bulk soil / 非根际土壤。建议完成 Greengenes2 属水平注释，phyloseq 中需包含 otu_table 和 tax_table。
Global Core Microbiome · Soil Fertility Potential
依托土壤微生物
地力评估
基于现有全球核心微生物骨架、农田/非农田土壤微生物响应、土壤胁迫参考数据库和土传病害核心骨架， 对普通土壤（Bulk soil）的地力潜力进行综合评估。当前版本为微生物模型 V0.5， 下次升级版本将纳入微生物驱动的 SOC、TN、AN、AP、AK、CEC 等理化潜力预测结果。
总骨架158全球核心细菌属
农业模块53扩增子 + 宏基因组方向一致
健康子模块71病害健康核心属
综合输出0–100SMFPI 地力潜力指数
当前模型仅用于普通土壤
请上传 Bulk soil / 非根际土壤的 phyloseq RDS 对象。根际样本受宿主、发育阶段和根系分泌物影响较大，不进入当前地力综合评分。
01
上传微生物组数据
上传已经完成 Greengenes2 属水平注释的 phyloseq `.rds` 对象。
02
选择待评估样本
从 phyloseq 对象中指定一个普通土壤样本进行地力潜力评估。
样本生态位
普通土壤 · Bulk soil
当前版本不提供根际地力评分。
使用说明
如何使用
当前版本只需要一个完成属水平注释的 phyloseq RDS 对象。
上传 RDS
上传 `.rds` 后，系统自动读取样本名、taxa 数量和属注释来源，不需要提前导出 Excel。
选择一个样本
从下拉框选择需要评估的土壤样本，并确认该样本不是根际土壤。
读取三个分指数
AAI 看农业利用适应，ESI 看生态稳态，DSI 看病害健康方向。三个指标回答不同问题。
读取 SMFPI
系统通过加权几何平均得到 0–100 综合地力潜力分数。任何一个明显短板都会降低综合评分。
结合实际信息解释
查看主要限制因素和胁迫候选；后续有 SOC、TN、AP、AK、CEC 等理化数据后可进一步校准模型。
模型原理
现有数据如何形成地力潜力模型
不是把“农田”直接等同于“高地力”，而是把现有数据拆成三个独立生态功能轴后再综合。
为什么 ESI 权重最高？
当前页面限定普通土壤，158属 Soil Healthy / Stress 参考与页面目标最直接，因此占 50%。
为什么宏基因组不直接和16S混合？
不同测序平台和分类体系的丰度不可简单合并；当前仅用宏基因组验证农业marker的响应方向并形成稳健权重。
为什么使用几何平均？
避免一个很高的分指数完全掩盖另一个严重短板；当稳态或健康模块明显下降时，综合地力潜力会被相应拉低。
当前模型边界
SMFPI V0 是“基于微生物群落的地力潜力评估”，不是土壤肥力国家标准，也不能替代有机质、氮磷钾、CEC、EC、pH 或产量测定。后续获得理化指标后，可在保留现有 158/53/71 骨架的基础上进行监督学习和外部校准。