KMDI 模型使用说明
了解输入数据要求、分析流程及结果含义， 可以帮助您更加规范地完成 土传病害微生物组风险诊断。
KMDI 土传病害微生物组诊断模型
KMDI（Keystone Microbiome Disease Index） 用于刻画待测土壤微生物组相对于健康对照土壤的 整体结构偏移。 模型通过保守微生物骨架的协同变化， 评估待测土壤是否呈现 与土传病害易发状态相关的微生物组特征。 用户上传 phyloseq 对象后， 系统自动完成数据解析、 骨架菌群提取、标准化、 曲线拟合和 KMDI 计算， 并输出相应的风险判定结果。
上传数据
上传已经构建好的 phyloseq .rds 对象。 文件应包含完整微生物丰度、 分类信息和样本元数据。
选择样本 ID
从 sample_data 中选择 对应的样本 ID 列， 用于确认每一个微生物组样本的身份。
选择分组变量
选择用于比较的元数据列， 例如 Group、 Treatment 或 Status。 系统将自动读取其中的不同组别。
指定健康对照
指定一个明确无土传病害的 健康对照组。 待测组将与该对照组进行 微生物骨架结构比较。
开始 KMDI 诊断
系统在服务器端提取 71 个保守骨架菌群， 完成标准化、变化量计算 以及 LOESS 曲线拟合。
查看诊断结果
查看 KMDI 数值、 参考值、 骨架检出情况、 匿名化变化曲线 以及最终微生物组状态判断。
数据要求
-
当前版本接受
phyloseq .rds文件。 -
对象应包含
otu_table、tax_table和sample_data。 -
tax_table中需要具有Genus分类层级。 - 建议上传完整细菌群落， 不应事先只保留 71 个骨架菌群。
- 至少需要包含一个 明确健康或无土传病害的 对照组。
- 样本信息必须与 phyloseq 中的微生物组样本 正确对应。
结果解读
- KMDI 反映待测组相对于健康对照组的 微生物骨架整体偏移方向。
- 页面显示当前模型使用的 KMDI 参考值， 用于辅助判断微生物组状态。
- KMDI 高于参考值时， 提示待测土壤具有更明显的 土传病害易发微生物组特征。
- KMDI 未超过参考值时， 当前数据未显示明显的 病害相关骨架整体偏移。
- 骨架检出情况表示 当前数据中能够匹配到的 保守骨架菌群数量。
- 骨架变化图中 菌属名称已经隐藏， 核心骨架信息仅保存在服务器端。
使用说明
KMDI 用于评估土壤微生物组是否呈现 与土传病害易发状态相关的整体结构偏移。 当前结果属于微生物组状态与风险评估， 不等同于对具体病原菌或具体土传病害的 病原学确诊。 在科研研究或农业生产决策中， 建议结合田间发病情况、病原检测、 土壤理化性质及其他实验结果进行综合判断。